回答
若干デリケートなところがありますが、原則論としてお答いたします。
ご指摘の如くIMRT(強度変調放射線治療)は混合診療の一環として保険外併用療法の評価療法のくくりのうち先進医療として認定されました。このような制度が決められた以上は、過去の事例をみても厚労省や社会保険事務所の態度としては、ICRTを行う場合はこの手続きを踏まないとしてはいけないということになる可能性が大で、ご心配されているとうりです。
したがってもし先生の施設でICRTを行っていることが社会事務所にしられることとなれば、ほぼ確実に指導が入ることになりますので何としても申請手続きをとられることをお勧めします。